Convenio de funcionarios. Plus horas noche

Quisiera exponer un caso, se trata de una administración local en la cual existe un convenio desde 2007 que se va renovando automáticamente cada año (y que no hay voluntad de negociar). Existe un convenio en papel firmado por las partes negociadoras en el cual no se paga un cierto incremento por nocturnidad. En cambio en el mismo convenio publicado en el Boletin Oficial de la comunidad autónoma si que existe el párrafo en el artículo en cuestión que habla y especifica el incremento. Al parecer el día de la firma alguien quitó ese párrafo del convenio, pero el convenio enviado para su publicación sigue constando de dicho párrafo.

Actualmente dicha administración no paga ese extra por la nocturnidad, basándose en que existe un acuerdo en junta o mesa de negociación que dice que se decidió si se tenía en cuenta el convenio en papel firmado o el convenio publicado, en ese instante los firmantes no pensaron que faltaba algún párrafo y firmaron . ¿Qué validez tiene ese convenio frente al convenio publicado?, ¿Existe alguna manera de exigir la aplicación del convenio publicado? ¿Algún contencioso adm. Mostrando aquí lo expuesto y demostrando la mala fe de la administración?, dicho sea la administración si cobra nocturnidad por servicios de los empleados, es decir cobra 50 euros de tasa por una hora de funcionario nocturno pero le paga 20 ya sea de día o de noche.