Perdida pago incapacidad temporal en caso de alta?

Actualmente estoy percibiendo una compensación económica por incapacidad temporal que paga la mutua. Durante el periodo se incapacidad fui despedido de mi empresa, es posible que en las próximas semanas me den el alta pero debido a las secuelas que me han quedado (accidente de tráfico hace más de 18 meses) es posible que vuelva a tener que pedir la baja a causa de los dolores. En ese caso ya no podré cobrar ninguna prestación, ¿verdad?. Hay alguna posibilidad de si no estoy de acuerdo con el alta médica, ¿impugnarla de alguna manera?.