Indexar archivos PDF automáticamente

Creo que Acrobat es capaz de hacer lo que deseas

http://help.adobe.com/es_ES/acrobat/using/WS58a04a822e3e50102bd615109794195ff-7c37.w.html 

(A mediación de la página describen el proceso para indexar por capítulo, si he entebndido bien).

Otros programas de gestión de archivos PDF que puedes probar:

- Mendeley

http://es.wikipedia.org/wiki/Mendeley 

- Zotero

http://es.slideshare.net/jalonsoarevalo/zotero-20 

Hulbee Desktop

http://hulbee-desktop.softonic.com/ 

Una respuesta a una consulta  muy similar a la tuya:

1- Utilizar la herramienta de importación http://wiki.openkm.com/index.php/Repository_import
2- Dedicar 2-3 horas a leer la documentación en especial dos secciones: http://wiki.openkm.com/index.php/Main_Page la guia de usuario ( con la que entenderas que tienes entre manos ) y la guia de administración. Tampoco estaria de mas repasarse la guia de instalación, por que eso te dará una idea de las posibilidades de configuración, pero como mínimo la guía de usuario y de administración.

Muchas Gracias gohan rm por tu respuesta pero no es lo que necesito.

Me explico mejor: yo tengo un archivo PDF con 100 páginas. Esas páginas tengo que bien o separarlas o crear marcadores en base a capítulos. La cuestión es que no todos los capítulos tienen las mismas páginas por lo que lo que quiero es que el programa busque automáticamente el comienzo de cada capítulo y añada un marcador. Para que el sistema sepa cuál es el comienzo de un capítulo, buscará por palabra clave = "Capítulo xx". Así, si el PDF está dividido en cuatro capítulos, tendré el primer capítulo con 30 páginas, el segundo con 10, el tercero con 20 y el último con 40... Espero haberme explicado correctamente ahora. Una vez más, muchísimas gracias.

Un saludo,