Típico Linux: una aplicación, varios directorios!

Hola,
Soy usuario de DOS y Windows, convirtiendo mis costumbres a mi Linux RH7.2. No es fácil tarea el cambio, pero un problema conceptual que tengo es que las aplicaciones de linux se encuentran varios directorios y usando varias libs, todos esparcidos por el sistema. Con Windows, no era así ... Una aplicación, un (más o menos) directorio. AHORA, conozco el RPM y lo uso en POR, pero es que hay tantísimas aplicaciones que siempre me confundo y no se ni siquiera como arrancarlas ("donde esta esa *.exe?"!). VALE, pues pregunto a los usuarios expertos en linux, que comandos suelen usar para identificar y rastrear esa aplicaciones. Por que si no, uno pierde control, y con todas esas descargas de Freshmeat, terminas con un disco duro con la complejidad del modelo genoma humano!