Respuesta 1: Para leer datos de un fichero, necesitas usar la función fscanf que esta en stdio.h, que tiene el siguiente formato int fscanf(FILE *stream, const char *formato, ...). Con esta función, puedes obtener los datos en diferentes cadenas (char *). Para comparar las cadenas, usa la función strcmp que esta en string. H (te recomiendo que visites la solapa librerías de la pagina web http://c.conclase.net/ para la definición, usos, explicación y ejemplos de estas funciones). Para mostrar la coincidencia usa un mensaje con printf.
Respuesta 2: No se como imprimes las gráficas en C++. Como en las librerías estándar de C no hay funciones para imprimir gráficas, o usas alguna función propia de tu compilador (que no se cual es, ya que no lo mencionas) o usas una librería externa para hacer estas gráficas, como SDL. Mi consejo es que pruebes a hacerlo como lo haces en C++ y si esto no resulta, mira a ver si tu compilador tiene el archivo de include graphics. H (Yo uso OpenWatcom y este compilador tiene el archivo graph.h). Si programas la aplicación como aplicación de ventana de Windows, puedes usar las funciones del archivo gdi.h. Un ultimo recurso es el curso de gráficos de la pagina web http://graficos.conclase.net/.
Respuesta 3: Una actualización interesante (sobre todo cuando no te corra prisa) es que tu base de datos este programada en una base de datos real, en la que puedas insertar registros, modificarlos y borrarlos a tu gusto (una opción fácil e interesante es la librería sqlite). De todas formas, al ser una aplicación tan centrada en un determinado campo científico, si puedes consultar con expertos en fósiles y preguntarles como usuarios por las características que les gustaría para una aplicación de este tipo, te seria de gran ayuda.