Modificar carpetas de una página web

Hola,
Hace tiempo me diseñaron una página web y está en internet funcionando. El caso es que necesitaba modificarla (hice un curso rápido de creación de páginas web, pero no me explicaron como subir o modificar la página) el problema es que tengo la página modificada (copié las carpetas originales y cambié los datos que quería modificar dentro de la carpeta que ponía "web". Lor archivos que hay son varios, pero solo modifiqué esta carpeta)
La duda es a la hora de conectar con el FTP. He intentado borrar la carpeta original "web" para después añadir la modificada pero no me deja. ¿Qué hago?
Gracias