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Dado que yo trabajo en el sector, no veo ético aconsejarte sobre alguna, ni siquiera sobra la mía propia claro está, por lo tanto lo que sí que te puedo ayudar es a lo que debes pedir en el caso concreto de una tienda online para que puedas exigir lo que debes tener.
1. Plazos de entrega: si el tiempo de finalización es importante debes dejar bien claro en el "contrato" o al "firmar" con la empresa que deben cumplir dicho plazo y qué sucede en caso de que no sea así.
2. Entrega de la página: la empresa debe facilitarte mediante un soporte tipo DVD o USB la página o en su defecto una dirección de internet de la que podértelo descargar. En el caso de una tienda como probablemente maneje base de datos deben facilitarte un manual para poder instalar y configurar la base de datos en cualquier hosting.
3. Contenidos Editables: deja claro desde el principio todo lo que querrás poder editar y todas las acciones que deseas que estén disponibles en el panel de administración. Es importante dado que si te dejas algo, luego te pueden pedir dinero extra por acciones que no hayan sido presupuestadas.
4. Métodos de pago: si trabajas habitualmente con un banco o caja conocido, tienen pasarelas de pago específicas que son fáciles de utilizar, Paypal es otra alternativa pero trabajar con un banco tiene muchas más ventajas. Si buscas el máximo rendimiento que la empresa te busque cuál es la pasarela que te cobra menos % por su uso.
Espero que te sirvan y orienten, si tienes cualquier otra duda dímelo.