Como incorporar código PHP dentro de JavaScript

De antemano decirte que es imposible, pero no te asustes pues hay otras soluciones.
El problema esta que php siempre se ejecuta antes que javascript aunque este este como RUNAT=SERVER. Una solución puede ser que php genere el código de javascript, o sea que lo escriba.
Ejemplo
Quieres meter en una variable de javascript el valor de una variable en php.
<?
$valor_php = "Cadena en PHP";
?>
Ahora lo queremos meter en un valor de javascript, como php se ejecuta primero hacemos que imprima la variable dentro del código de javascript por ejemplo
<script>
variable_javascript = "<?=valor_php?>";
</script>
Con lo que el escript quedaria
<script>
variable_javascript="Cadena en PHP";
</script>

Otra solución es usar jquery y ejecutar tu php desde ahí, ejemplo:

<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.1.0/jquery.min.js">
<script type="text/javascript">
$.ajax({
type: "POST"
,url: "mipaginaphp.php"
,data: "datosenviadosget=prueba"
,async: true //si no hacemos esto, continua el resto de la funcion sin haber acabado esta
,beforeSend: function(objeto)
{
alert('enviando datos');
}
,success: function(datos)
{
alert(datos);
}
});
</script>

No sé si esto podria funcionar para su necesidad, pero también puede generar el javascript con php y asi no tiene que ponerse a enviar peticiones de nuevo al servidor.

P. Ej:

echo "<script type="text/javascript">...codigo javascript... $variablephp ...</script>";