¿Script?

No se como saldrá este texto cuando suba al servidor, pero ahí vamos:
Escribe la consulta en un fichero de texto.
Para ejecutarla y guardar el resultado:
Mysql -h host -u user -p < ficheroconsulta > ficherosalida
Como no se si saldrán los símbolos menorQue y mayorQue te reescribo la orden:
Mysql -h host -u user -p menorQue ficheroconsulta mayorQue ficherosalida
Escribe esta orden en un fichero .bat y si hace falta añade las rutas necesarias para acceder a los archivos.
Ahora puedes utilizar el programador de tareas de windows para que ejecute el fichero .bat a la hora que deseas. El asistente de configuración es muy sencillo.
Suerte

Si usas un sistema Linux, lo tienes fácil usa el CRON y entuba la salida a un fichero de texto
Mysql -u xxx -p:xxxx consulta > salida de la consulta.txt

Si tienes la fortuna de usar Unix/Linux o similar, solo necesitas crear un script como este:
mysql < consulta.sql > resultado.txt
Y ponerlo en el CRON, usando el comando "crontab".
Diego Fernando