Dolor en la parte externa/posterior de la rodilla

A raíz de una carrera de montaña el 16 de octubre, empecé a sentir molestias en la parte externa (sobre todo al flexionar) de la rodilla izquierda al correr. En tres o cuatro días de reposo el dolor desapareció. Empecé a hacer salidas de 3 y 4 horas en bicicleta sin problemas, nadé (con pull) sin problemas e incluso hice algo de pesas (cuádriceps, isquios y gemelos) sin molestias, pero cuando volví a correr, unos 15 días después de la carrera donde me lesioné, sobre los 10-15 minutos volví a sentir esas molestias en la parte externa al flexionar y empecé a sentir también molestias en la parte posterior de la rodilla. Después de seguir notando esas molestias opté por hacer algo más de reposo, nada de bici ni intentar correr y sólo algo de piscina. La semana pasada (el miércoles) fui al fisio pero no me aclaró nada y me puso una tira de kinesio taping. Eso sí, me dijo que en un par de días empezara a trotar. Pues bien, el viernes empecé a correr y más o menos bien hasta los 18-20 minutos (no he probado de correr más tiempo), donde empiezo a sentir pequeñas molestias en la parte posterior de la rodilla (durante ese tiempo la parte externa no se me resintió). Ayer volví a probar y más de lo mismo, noto esas molestias en la parte posterior de la rodilla. El caso es que empiezo a estar preocupado porque a pesar de que el dolor no es intenso y prácticamente desaparece cuando dejo de correr, no termino de sentirme bien. Espero su respuesta. Muchas gracias.
P.D. Por si le puede servir de ayuda, entreno para carreras de fondo (medias maratones y maratones) y triatlones de media/larga distancia entre unas 8-15 h semanales.