Quien paga la baja laboral por enfermedad

Según la ley general de la seguridad social, en las situaciones de baja por enfermedad común, los tres primeros días NO SE PAGAN. Sólo se paga a partir del cuarto día, por lo que la empresa pagaría del 4º al 15º día, el 60% de la base reguladora diaria(un día al 60%). Y todo ello (derecho al pago) siempre y cuando tengas cotizado un periodo de al menos 180 días anterior a la fecha de baja(periodo de carencia).
Por otro lado, te comento que los convenios colectivos mejoran esta situación a través de lo que se denomina complemento por enfermedad o accidente, pero OJO! Esto solo depende del convenio de aplicación. Seria conveniente que le echaras un vistazo a tu convenio de aplicación, el cual viene reflejado en la parte posterior de tu contrato de trabajo y en función del sector en el que te hayes.
Y con respecto a lo del pago, no entiendo muy bien lo expuesto al final de la pregunta, pero lo que puedo decirte es lo siguiente: el abono de salario es el que viene reflejado en NOMINA. Todo aquello descontado o abonado fuera del recibo nominal, no es lícito.