Tipo de retención y pago de atrasos

Hola,
he empezado este año a llevar las nominas de una empresa y me he dado cuenta de que a dos trabajadores que están al 25% y al 50% de la jornada les están reteniendo el 2% de irpf cuando en realidad, según el programa y los limintes que marca hacienda no están obligados a retener, tienen un contrato indefinido pero con esa jornada reducida. ¿Sigo reteniendoles el 2% o no les hago retención en la nomina? ¿Y si no la debo hacer simplemente con poner tipo de retención = 0 seria suficiente?.
Por otro lado mi segunda pregunta es respecto a los atrasos: según tengo entendido hay que pagarlos con una retención del 15%, y como este tipo no coincidiría con su retención normal, ¿tengo qué pagarlos en una nomina a parte?
Muchas gracias

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Los % de retención por el IRPF que se aplican a los trabajadores, con carácter general, será el que resulte de aplicar las normas reglamentarias en función de la retribución del trabajador y de sus circunstancias personales y familiares, las cuales debe comunicar el perceptor al pagador a fin de que pueda calcularle su tipo de retención.
En algunos casos se establecen tipos fijos, como por ejemplo el 2% en contratos inferiores al año o el 15% en atrasos de años anteriores. Si tus trabajadores tienen un contrato inferior al año se les aplicará el porcentaje de retención del 2% pero si no existe esta circunstancia, se les retendrá lo que por ley les corresponda (a no ser de que no lleguen a los limites obligatorios para ser retenidos, ya que en este caso no se les retendrá).
En cuanto a la nomina de atrasos, cuando se abonen a los trabajadores salarios con carácter retroactivo, éstos se liquidarán en el mes en que sean exigibles, por la diferencia entre lo que han percibido en esos meses anteriores y lo que deberían haber percibido, incluyendo no sólo el salario base, sino todos los complementos salariales y no salariales a los que afecte (perfectamente se puede realizar en una nómina aparte).

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