Duda IVA anual

Buenas tardes! En diciembre le planteaba dudas sobre una cantidad de IVA que le había cobrado indebidamente a un cliente de Melilla en el 2 y 3 T. Me dijo que lo podía regularizar en el 4 T restando el IVa devuelto al cliente del IVA devengado. Así lo he hecho pero tengo una duda respecto al 390, ¿he de poner las cantidades tal como las declaré en las trimestrales o como deberían haberse declarado? Por ejemplo en el segundo trimestre puse de Iva devengado 11247 pero restando las fcaturas que tenía que haber puesto sin IVA son 10697 ¿cuál de las dos cantidades debería hacer constar en el 390? El problema está en que este año hay que hacer constar el IVA al 16% y al 18% y ahí se ve el descuadre.
Muchas gracias
Un saludo
Maerc