Empresa individual o Sociedad Limitada

Tu pregunta no tiene una respuesta exacta, depende de varias circunstancias. En el caso de Sociedad Limitada en estos momentos se paga un tipo fijo del 25%, da igual la cifra de beneficio, hay que tener en cuenta que la forma habitual de llevarse ese beneficio para los socios trabajadores es mediante una nómina, pudiendo poner la cantidad que quieras, de forma que trasladas el beneficio de la SL a tu renta.
En el caso de empresario individual, al ser profesional no podrías estar en Estimación Objetiva (módulos), solo podrías estar en Estimación Directa, por lo que el beneficio se calcularía por diferencias entre los ingresos y gastos e iría directamente a tu renta.
Como ves, al final todos los beneficios van a tu renta (con la diferencia que en la sociedad te pones la nómina que quieras), creo que deberías tener en cuenta otros factores a la hora de decidir la forma de darte de alta, como son los costes de constitución y de mantenimiento administrativo (constituir y llevar la administración de una SL es bastante más costoso y más estricto en su funcionamiento), imagen que quieras dar al exterior (en ocasiones es mejor presentar tu empresa en nombre de una sociedad que en el de una persona), saber el nivel de endeudamiento e inversión que vas a tener, etc.
Bueno, si quieres que te especifique algo más sobre lo que te he indicado me lo dices.

Gracias por contestar dorondon, pero me gustaría una aclaración. Cuando dices "hay que tener en cuenta que la forma habitual de llevarse ese beneficio para los socios trabajadores es mediante una nómina, pudiendo poner la cantidad que quieras, de forma que trasladas el beneficio de la SL a tu renta", significa que el beneficio social pasa a ser prácticamente nulo y así no pagas nada prácticamente como empresa, aunque si como renta.
Si lo he entendido bien entonces, es casi mejor ser autónomo, porque al final vas a acabar tributando como persona física y no puedes beneficiarte del tipo del 25%. Además tengo entendido que tienes que ser autónomo para ser socio de una sociedad limitada, ¿es correcto? Gracias de nuevo

Lo que te he explicado de las nóminas es que puedes jugar con el beneficio lo que a ti te interese, por ejemplo, es interesante llevarte nóminas por un valor suficiente para pagar en renta por debajo del 25%, si tienes mucho beneficio en la sociedad y resulta que por llevártelo todo pagas en renta por encima de ese beneficio entonces no te sale rentable, de todas formas todo esto es variable en función de como te va el resultado y te permite "jugar" con el.
Yo te recomiendo que para constituir una SL o no no te fijes solo en como pagar impuestos a hacienda, sino en los demás condicionantes tal y como te he dicho en el primer mensaje.
Con respecto a tu última pregunta, todos los socios-trabajadores que son administradores de una sociedad tienen que estar dados de alta en el régimen especial de autónomos pero es solo a nivel de cotización, a todos los efectos es un trabajador de la sociedad, no es lo mismo que los autónomos que son empresarios individuales y no tienen ninguna sociedad.