Régimen de visitas

Podéis perfectamente llegar a un acuerdo sin que sea necesario pasar por el juzgado. Eso sin duda sería lo mejor. En caso de que ella no quiera cambiar nada o no lleguéis a una propuesta común, tú podrías iniciar el incidente de modificación de medidas, siempre que consigas una nueva propuesta de régimen de visitas que realmente solucione esos problemillas.
A la hora de meterte en el juzgado, recuerda valorar los costes emocionales que todo procedimiento judicial de familia tiene.
Piensa también que a esas edades empieza a importar menos "estar con los padres" y más que éstos estén al día de la vida de sus hijos y se comuniquen con ellos. ¿Puedes llamarles por teléfono sin problemas? En caso de que no, sería una de las primeras cosas a acordar. El trayecto hasta las clases de por la tarde, es un tiempo muy bueno para charlar sobre el día, no lo minusvalores pues es una ocasión quizá más importante que estar dos horas con ellos. Y haces bien en sacrificar uno de tus días si ellos tienen algún compromiso, siempre que sean ellos mismos quienes te lo pidan. Ahora ya se están haciendo grandes y las necesidades cambian.

Precisamente es por esa causa por lo que entiendo que debe haber un régimen de visitas más flexible, acorde a las necesidades e incluso a la voluntad de los menores. No obstante mi preocupación realmente es si aun llegando a un acuerdo por escrito firmado por ambos, la madre quisiera en algún momento hacer valer el convenio regulador. ¿Qué pasaría en estos casos, prevalecería el convenio regulador o el acuerdo firmado? Gracias.

Un régimen de visitas flexible, que atienda a su voluntad, etc., también tiene sus desventajas cuando uno de los padres no facilita el contacto del otro, pues los menores se sentirán presionados, a la hora de ejercer su voluntad, por su madre en este caso, apareciendo sentimientos de traición y conflictos de lealtades. Es más sencillo para ellos lo que sucede ahora, "o me deja o no me deja", porque así no es responsabilidad-culpa de ellos él ver a papá más o menos, pues depende de que su madre les deje o no. Por tanto, "obligarles" a ejercer su voluntad cuando en verdad no son libres para ello no es un buen camino. Si a ello le unimos la lucha en el juzgado, en la cual se les va a hacer partícipes pues se les va a preguntar y a escuchar, el conflicto de lelatades y las presiones varias van a hacer que pasen de la relativamente tranquila situación que tienen ahora a una situación de elevada ansiedad y estrés, por los requerimientos de la situación, y para el pequeño, de doce años, le sería muy perjudicial pues está ahora en época de tránsito, hacia la adolescencia, y necesita tranquilidad en su vida. Como ves, eso de conseguir un régimen de visitas flexible,..., es un deseo muy loable, pero hay que contar con las circunstancias concretas que se tienen, pues puede perjudicar más que favorecer.
Como te decía los chicos a esas edades empiezan a necesitar menos estar con sus padres, y a necesitar más que sus padres estén con ellos: "que mis hijos estén conmigo" o "que yo esté con mis hijos" es la diferencia entre nuestras necesidades y las de ellos. Es importante diferenciarlas, preguntarse si es una necesidad realmente de ellos, o más bien mía. Estar con ellos (no ellos con nosotros) se hace fundamentalmente estando al día de su vida e implicándose en ella, apoyándoles en sus actividades (llevarle a las actividades, insisto, es una de las mejores cosas para afianzar vínculos), riñéndoles cuando sea necesario, yendo a hablar con sus profesores, hablando a diario por teléfono para dar "el parte del día", y por supuesto también estando físicamente con ellos, pero ya no es tan necesaria como antes nuestra presencia física.
En cuanto a tu pregunta última, prevalecería el convenio regulador, pero en ese caso, que es como romper el acuerdo, tú podrías iniciar el incidente de modificación.