¿Cómo contabilizar una nomina que se paga en negro?

Te estás metiendo en un problema y estás falseando los datos contables de la empresa que al cabo de un tiempo supondrán un falseo de los movimientos y por tanto faltará a la verdad del estado patrimonial y de la cuenta de pérdidas y ganancias de la sociedad. Lo puedes pasar a varias cuentas, gastos, básicamente o como una partida de dinero en una Caja ficticia, por ejemplo generar una segunda caja (570.0 y 570.1 sería esta caja). En el caso de que te obligaran a demostrar la existencia tendrías que disponer de las cantidades que le hayas pagado, que siempre es más fácil que justificar un gasto.
De todos modos, en el momento que puedas, empieza a pedir pagos en B a algunos clientes de confianza para poder gestionar las cantidades que hayas pagado en B, es decir, que finalmente tengas una entrada de ese dinero que presuntamente has pasado a una caja física de la sociedad, una forma de blanquear esas cantidades (aunque no es deseable y constituye un delito).
Por otro lado, se puede tratar de realizar facturas con autónomos pagándoles el IVA a parte para evitar en la medida de lo posible gastos sin explicación (aunque tampoco es legal y puede suponer multas de hacienda y retrasos en las devoluciones del IVA si le pillan a uno).
No aconsejo ir contra la ley, a largo plazo genera muchos problemas. Además, no me parece bien tener trabajo y chupar de las arcas del estado, esa falta de solidaridad hace que las cuestiones económicas del país vayan como van, las personas a las que realmente les hace falta cobran una verdadera miseria porque hay personas que hacen estos apaños engañando a tributaria, y al final lo pagamos todos, los empresarios los primeros con impuestos altísimos para compensar el déficit de la seguridad social. Yo le diría al señor en cuestión que arregle su situación y que empiece a cobrar como Dios manda.
El ahorro de seguros sociales y de IRPF no compensa los males que se pueden generar a futuro si le pillan.

Estimada amiga: Estimada amiga, puedes ubicarlo en gastos por empleados, en realidad de la forma como lo llames a la hora de una revisión del trabajo se tomaría lo verbal de dicho trabajador, lo mejor es sugieras sean elminados estos conceptos y los integres a la nomina para así evitar sanciones y multas innecesarias. Saludos.