Para las gráficas de funciones suelo usar WinPlot
<a>http://math.exeter.edu/rparris/peanut/wpsp32z.exe</a>
Que no consume apenas recursos y no necesita instalación.
Para figuras geométricas con ángulos, distancias, perpendiculares, paralelas y más, uso Geogebra
<a>http://www.geogebra.org/download/?os=win</a>
Eso si usas Windows, pero también esta para otros sistemas.
Y para recortar la parte que interesa de las gráficas, rellenar con algún color y alguna cosa más uso el Paint de Windows.
Y eso es todo.