Manchas negras en el fondo de la piscina

Y mantener el PH entre 7,2 a 7,6 como máximo

Manuel, el clorador salino no es una varita mágica y tiene sus limitaciones

De hecho, con mucha afluencia de gente o mucho sol se suele reforzar la acción del clorador aumentando su producción de cloro y tambien con la adición de lejía apta para la desinfección de agua (lo pone así la etiqueta). Más allá de valorar si tu clorador esta bien dimensionado (mejor estaría algo sobredimensionado) debes de tener en cuenta que el cloro es muy volátil y se esfuma de una manera impresionante si hay mucha radiación solar. En ocasiones, en este tipo de instalaciones de cloración salina, se suele añadir un estabilizante (ácido isocianúrico) para ayudar al cloro a mantenerse por más tiempo en el agua. Ojo con el uso del isocianúrico, puesto que no debe superar la concentración de 30ppm y, como dicho compuesto es acumulativo (cuanto más echas, más tienes) solo has de añadir más producto cuando rellenes la piscina por las perdidas por evaporación, cuando el nivel baje de esas 30ppm.

https://www.hannainst.es/blog/1506/%C3%81cido-Isocian%C3%BArico-en-piscinas 

https://www.poolaria.com/productos-quimicos-piscina/3459-estabilizador-cloro-ctx-401.html 

En cuanto a tu situación actual, deberías de dar un choque de cloro a tu piscina pero usando lejía o hipoclorito sódico más concentrado. Durante un par de días no podrás usar la piscina y tendrás que ajustar el PH para que se mantenga entre 7,2 y 7,6. Si ya tienes regulador automático de PH pues ya el realizara el trabajo. Ten en cuenta que tanto la lejía como el hipoclorito sódico más concentrado tienden a hacer subir el PH. Hecho el choque de lejía, a las pocas horas, frota con un cepillo plástico las zonas que veas con manchas. Durante el choque la depuradora ha de funcionar 24horas seguidas. Para saber la cantidad de lejía a añadir deberías indicarme la capacidad de tu piscina. Durante el choque puentea el clorador salino con el bypass que deberían haberte instalado.

Ten en cuenta además que el mantenimiento de una piscina es algo más que cloro y PH. Tienes que vigilar también la Alcalinidad (100ppm) y la Dureza Cálcica (300ppm) pues con ello conseguirás tener un agua no solo desinfectada si no también equilibrada.

http://www.hablemosdepiscinas.com/foro/viewtopic.php?f=9&t=705 

Así mismo has de tener en cuenta, por mucho que te vendan la moto de que ello no es así en la cloración salina, que en las piscinas cloradas se producen cloraminas (cloro combinado) y que las mismas han de ser eliminadas. La eliminación de las cloraminas puede hacerse con un choque de cloro o, lo que es mejor y más practico, usar monopersulfato potásico, a razón de 20gr/m³. Estos choques se pueden hacer de forma preventiva cada semana o dos semanas o solo cuando detectes un exceso de cloro combinado.