CGI desde HTML

Lo primero es que te tienes que informar en tu ISP de la forma en que debes de instalar los CGI's en tu site, por ejemplo: si deben de estar en un subdirectorio aparte (normalmente cgi-bin), de si debes de darles algún tipo de permiso tanto a los subdirectorios como a los CGI's, etc.
La forma de incluir un CGI en HTML depende de la información que se le envíe al CGI y a la que el CGI este esperando para poder devolverte un resultado, la forma más habitual para un formulario es:
<form method=POST action="http://tu_servidor/tu_site/cgi-bin/elquesa.cgi">
Titulo: <input type=text name="title" size=30><p>
URL: <input type=text name="url" size=55><p>
<input type=submit value="Enviar">
<input type=reset value="Borrar">
</form>
Como veras, en action se le indica la ruta exasta en donde esta el CGI, y luego con los input se le envía la información a evaluar, al pulsar sobre el Enviar el CGI recoge los valores de los campos "title" y "url" los procesa y te envía la respuesta, eso, si es así como se ha construido el CGI, normalmente los CGI que hay en la red tiene incluidas en el mismo archivo el_que_sea.CGI unas instrucciones básicas de como usarlo.

La forma de hacerlo es mediante una URL que apunte al fichero ejecutable.
Puede ser a través de un formulario:
<form method="post" action="/cgi-bin/contador.pl" ... >
De un evento: onLoad, onClick,...
Una imagen: <IMG SRC="/cgi-bin/contador.pl ... >
Cualquier elemento que admita en sus propiedades la localización del archivo.
Un saludeT