SL ingresos esporádicos facturar socio mayoritario

Hola,
Soy consultor y mi trabajo se puede realizar en diferentes países de Europa . Habitualmente los clientes son empresas grandes que piden facturar a través de una sociedad "umbrella" (paraguas) . En ocasiones imponen que la sociedad esté constituida en el mismo país donde se realizan los servicios y que sea empleado de esa empresa. En otras ocasiones no importa qué empresa utilices.
Hace unos meses monté (tengo el 90% del capital) con un familiar una SL en España para poder facturar a un posible cliente, una oferta laboral que no se materializó. Mi empresa todavía no tiene actividad alguna, esperando poder utilizarla. Depués de una operación quirúrgica y su larga recuperación además del bajón del sector, he encontrado una oferta de trabajo en otro país de la Unión Europea para trabajar sólo dos meses.
Voy a tener gastos de alojamiento, comida y desplazamiento, pero mi empresa facturará un importe fijo por día que yo trabaje (que cubre más que suficientemente los posibles gastos) . Las previsiones son que no vuelva a trabajar hasta el año que viene pues tengo planeada otra intervención quirúrgica.
¿Qué debo hacer o que és mejor? Mi empresa me debe contratarme a mi como trabajador durante estos dos meses y darme de alta en la SS.
O facturo como autónomo (dándome de alta por dos meses) a mi propia empresa? En ese caso, ¿quien descuenta los gastos y el IVA, mi empresa, yo, o los dos? ¿Qúe sueldo o tarifa aplico a mi propia empresa para que los impuestos que pague (IS y IRPF) sean menores?
Gracias.
ikali

Dennis,
   Gracias por tu explicación.