Comisiones bancarias

Antes de responder a tu pregunta te explicaré un poco la diferencia que existe entre las dos cuentas.
En la cuenta 626 irán las cantidades satisfechas en concepto de servicios bancarios y similares que no tengan la consideración de gastos financieros. Es decir, aquí iría básicamente lo que nos cobra el banco por prestarnos sus servicios, por ejemplo los gastos de correo, gastos de mantenimiento de cuentas,...
Por otro lado en la cuenta 669 irán los gastos de naturaleza puramente financiera, como por ejemplo la comisión que nos cobran por realizar una transferencia, gastos de constitución de un préstamo,...
A veces no es muy fácil establecer la diferencia, pero tampoco te preocupes mucho.
El caso que me comentas. Normalmente en las remesas enviadas al banco el tratamiento es el siguiente:
1.En caso de negociación o descuento de letras:
A la hora de descontar tendremos:
(664) por los intereses del descuento de efectos y (669) por la comisión que nos cobran.
Si posteriormente nos devuelven la letra tendremos (669) por gastos de la devolución.
2.En caso de gestión de cobro: (que creo que es tu caso)
Al vencer el efecto suponemos que el cliente la atiende y el banco nos cobra sus servición más el iva correspondiente. Esto irá a la (626).
En caso de que no fuera atendido el pago, que es el caso que nos ocupa: el banco nos cobra las mismas comisiones de gestión de cobro que en el caso de que el cliente atienda el pago, más otra comisión por la devolución. Pues todas estas comisiones irán a la (626)