riotimus

A ver si te entiendo tiene 3 discos 1 de 10 uno de 40 y otro de 80 Quieres dejar el más chico como sistema y los otros como espacio para datos al borrar la instalación del de 40 los registros de los programas dejaran de funcionar en la nueva...

Personalmente usaría una distribución de linux (me gusta slackware) en modo consola para reformatear el disco y redefinir el MBR sino es posible es posible que la controladora del disco este empezando a fallar

Te recomendaría un IDE de no más de 100 Gb otra solución seria particionarlo en un pc nuevo en parte menores a ese limite y configurarlo puedes mirar en http://www.intel.com/support/sp/motherboards/desktop/d845pesv/sb/cs-008879.htm