Cambiar varios archivos excel a formato Libro de Excel 97-2003

Prueba la siguiente macro.

Cambia en la macro "C:\trabajo\archivos\" por el nombre de la carpeta donde tienes los archivos.

Sub Guardar_Archivos_Como_2003()
'Por Dante Amor
  Dim ruta As String, arch As Variant
  Dim l2 As Workbook
  '
  Application.DisplayAlerts = False
  Application.ScreenUpdating = False
  ruta = "C:\trabajo\archivos\"
  arch = Dir(ruta & "*.xlsx")
  Do While arch <> ""
    Set l2 = Workbooks.Open(ruta & arch)
    l2.SaveAs ruta & Left(arch, Len(arch) - 5) & ".xls", xlExcel8
    l2.Close False
    arch = Dir()
  Loop
End Sub

O si prefieres seleccionar la carpeta, entonces utiliza la siguiente macro:

Sub Guardar_Archivos_Como_2003_2()
'Por Dante Amor
  Dim ruta As String, arch As Variant
  Dim l2 As Workbook
  '
  Application.DisplayAlerts = False
  Application.ScreenUpdating = False
  '
  With Application.FileDialog(msoFileDialogFolderPicker)
    .Title = "Select Folder"
    .AllowMultiSelect = False
    If .Show <> -1 Then Exit Sub
    ruta = .SelectedItems(1) & "\"
  End With
  '
  arch = Dir(ruta & "*.xlsx")
  Do While arch <> ""
    Set l2 = Workbooks.Open(ruta & arch)
    l2.SaveAs ruta & Left(arch, Len(arch) - 5) & ".xls", xlExcel8
    l2.Close False
    arch = Dir()
  Loop
End Sub

Sigue las Instrucciones para ejecutar la macro

1. Abre tu archivo de excel
2. Para abrir Vba-macros y poder pegar la macro, Presiona Alt + F11
3. En el menú elige Insertar / Módulo
4. En el panel del lado derecho copia la macro
5. Para ejecutarla presiona F5