NIE en trámite por reorganización familiar.

Hace 15 días presenté la documentación para solicitar NIE por reorganización familiar. Ingresé a España el 1 de enero de 2019. A mediados de abril tenemos un viaje a Austria y otros países de la comunidad europea, pero no creo que la solicitud esté resuelta para esa fecha.

Debido a que los 90 días de permanencia, vencen el 1 de Abril, ¿tendré algún inconveniente en viajar? ¿Qué pasa si me solicitan el pasaporte en la frontera? ¿O no lo hacen dentro del espacio común?