Conceptos en nómina para calcular liquidación

Aparte del sueldo base, complementos fijos y pagas extras prorrateadas, otros conceptos como comidas, kilometraje, ¿gastos e incentivos entran en consideración a la hora de calcular un finiquito con su respectiva indemnización?

Si hubiera meses en que dichos conceptos anteriores hubieran sido abonados previamente mediante transferencia, es normal que aparezcan en la nómina 2 veces: ¿Una en abonos (lo que me pagan) y otra en devengos (lo que me restan) al ya haber sido pagados anteriormente?

Por último es legal que en una nómina aparezcan los kilómetros divididos en 2 conceptos: kilometraje exento y kilometraje no exento (por ejemplo si un mes se han hecho 500 km, aproximadamente la mitad viene en exento y la otra mitad en no exento, ¿y ambos se pagan al mismo precio por kilómetro)?

Ruego.