¿Es válido el Nie para viajar en cualquier aerolínea dentro del territorio español?

Hola, tengo una duda. Mi padre es español y mi madre es uruguaya. Han comprado online un billete por Ryanair desde Valencia, destino Islas Canarias y a la hora de imprimir la tarjeta de embarque, en la de mi madre dice "LOS PASAJEROS NO UE/EEE DEBERÁN IR AL MOSTRADOR DE EQUIPAJE/REVISIÓN DE VISADOS ANTES DE PASAR LA SEGURIDAD PARA QUE LA DOCUMENTACIÓN SEA REVISADA Y LA TARJETA DE EMBARQUE SELLADA O SE LE DENEGARA EL VIAJE". Ademas dice VISA/CONTROL DE PASAPORTE que la de mi padre no lo dice. Yo vivo en Canarias y ellos han venido varias veces, mi padre con su DNI y mi madre con su NIE sin ningún problema, aunque siempre han viajado por Iberia o Air Europa, nunca por Ryanair y tenemos esa duda. Tiene que presentar un visado especial por ser Ryanair o con el NIE le vale? La aerolínea dice que una tarjeta de residencia no es valida para viajar y necesita un visado pero el NIE de mi madre no es eso. Estamos confusos. Gracias por aclarárnoslo.