Pendrive: sistema de archivos

Hola,
     Primero dar las gracias por esta página :)
  Tengo un pendrive de 16gb, intenté meter un archivo de 5 gb pero decía que el disco estaba lleno. Googleando encontré que el sistema de archivos tenía que estar en ntfs. En windows XP no me daba la opción "ntfs" así que fui a administrador de dispositivos y le cambié a "mejor rendimiento" (eso decían que tenía que hacer). Entonces lo formateé con ntfs pero daba un error "windows no pudo completar la operación" o algo parecido. Probé a formeatearlo (ntfs) con otros programas populares, también con gparted. El último daba una alerta, en inglés, me pareció entender que no soportaba el pendrive ese sistema de archivos y decía algo de ms-dos (si se necesita vuelvo a hacerlo y lo cito). Mi pregunta es si los pendrives pueden no aceptar ntfs (en fat32 va bien) y si no lo aceptan si hay otro sistema de archivos o algo para poder meter archivos de más de 4 GB :P
Saludos!