Apm

Solo tuve una experiencia con este mismo problema y el resultado me fue bien, pero según en que tipos de pc (placas) pueda que no te funcione correctamente.
Hice lo siguiente:
Modifica la clave de registro HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon -> PowerDownAfterShutdown, y ponla a 1, o si no existe creala tal y como pone aquí. También debe estar activada la compatibilidad con APM (que creo que ya tienes isntalada)
Reinicia el equipo y la siguiente vez que inicies sesión y le des a "Apagar" se debe de apagar correctamente
Suerte

Windows 2000 y XP tienen este problema. Lo que sucede es que la compatibilidad con APM la hace de forma diferente que Windows 98. Windows 2000 es un programa hecho para computadores que muy rara vez se tienen que apagar. Si tu activas APM, Windows 2000 no lo entiende igual que 98, y por esta razón te reinicia el computador. Mi consejo es que dejes tu PC sin APM, ya que para que esta funcione, necesitarás "flashear" el Bios, lo cual no es aconsejable, ya que esto sólo lo debe realizar un técnico con experiencia en el ramo.

Este comportamiento se da en los equipos compatibles con Administración avanzada de energía (APM). Si utiliza un equipo que no carga una capa de abstracción de hardware (HAL) compatible con Interfaz avanzada de configuración y energía (ACPI), aparecerá este mensaje cuando se haya completado el procedimiento de apagado. Cuando utiliza un Sistema básico de entrada y salida (BIOS) compatible con ACPI con la HAL de ACPI, el sistema operativo puede apagar la fuente de alimentación.
Solución
Para resolver este comportamiento:
Haga clic en Inicio y después en Panel de control.
En el Panel de control, haga clic en Rendimiento y mantenimiento y, después, haga clic en Opciones de energía.
Haga clic en la ficha APM.
Active la casilla de verificación Habilitar la compatibilidad con la administración avanzada de energía y haga clic en Aceptar.
Más información
Como la HAL estándar del equipo sólo se carga en los equipos que son compatibles con APM, el equipo no se apaga.

No puedo decir si tu placa presenta algún tipo de incompatibilidad con este tipo de apagado, pero sí que la fuente de alimentación también influye en todo esto. Debe ser ATX.
Por otro lado, siempre que he tenido este problema lo he solucionado instalando la ultima versión del Service Pack que haya disponible.
Normalmente con eso (una vez arreglado lo de la fuente de alimentación) se soluciona el problema.

Deberías revisar el manual de la placa base - como comprenderás yo no lo tengo -, y en caso de que no encuentres nada anormal, verificar las conexiones en placa de los cables (no vaya a ser que tengas alguno cruzado).
Y de paso te gradúas la vista, porque soy un tío, así que no creo que sea muy erótica.