Windows 2000

Bootea con un disco de inicio (si es winME o 98 mejor), ejecuta el fdisk, cuando pregunte en la pantalla inicial si quieres compatibilidad con unidades grandes, responde sí [S].
En la siguiente pantalla elige la opción 3 (eliminar partición primaria).
Otra vez en la pantalla inicial elige la opción 1 (Crear partición primaria), en la pantalla siguiente te aparecerá información del disco espacio disponible, etc.
Si quieres una sola partición asigna el tamaño máximo para la misma. Correrá un avance del porcentaje y finalmente te dirá que aprietes Esc para salir del Fdisk. Sal. Reinicia con el disco de inicio, formatea la partición (el FORMAT Debe estar en la unidad virtual). Si todo sale bien te habrás librado del Win2k.

Formatear no puedes, eso por supuesto, porque si formateas borrarás tu actual Windows 2000.
Lo que si puedes hacer perfectamente es buscar a alguien que tenga y te preste el programa "Partition Magic", el cual te sirve para dividir tu disco duro en dos partes (o más, dependiendo de tus necesidades), y una vez que lo hayas dividido (particionado), podrás formatear sin problemas la parte donde no este Windows 2000 e instalar otro sistema operativo.
Si vas a instalar Linux no tienes problema porque Linux tiene un gestor de arranque (LILO o GRUB), que es un menú que te sale cuando inicias el PC y tú le dices con que sistema operativo quieres trabajar.
Si vas a instalar otro Windows, tendrás que configurar el gestor de arranque de Windows 2000, tarea que no te recomiendo si no tienes experiencia, y cuya solución sería instalar un gestor de arranque autónomo (un programa aparte) que te permita iniciar la sesión en el sistema operativo que tú quieras.
Un buen gestor de arranque y que además es gratuito, es el IcePack, que lo puedes encontrar aquí:
http://www.softonic.com/informacion_extendida.phtml?n_id=9555&plat=1
Con esto y con el Partition Magic podrás instalar hasta 2 y 3 sistemas operativos diferentes sin necesidad de perder tu Windows 2000 actual, y arrancar con cualquiera de ellos a voluntad. No obstante recuerda que este es un proceso delicado y realizar particiones en caliente requiere conocimientos avanzados, con lo que te sugeriría que lo hicieras con ayuda de alguien que tenga algo de experiencia o al menos que pueda entender bien las instrucciones que el Partition Magic aporta.

Dependiendo del S.O. que quieras instalar ahora, pero por lo general, XP, 98, Me, Y hasta Linux, cargando el CD de instalación, te preguntará que quieres hacer con el disco. Le dices que formatee y te instalara el nuevo S.O. desde cero.
Es bien sencillo...
La condición es que tengas un CD de arranque del sistema operativo nuevo que quieras instalar.