ProgressBar en Segundo Plano

Estoy haciendo una aplicación de escritorio en netbeans 6.8 y al pulsar un botón descargo unos archivos de un servidor FTP me gustaría que mientras se realiza esta acción apareciera una barra de progreso, el único problema es que al empezar la descarga de los archivos la barra de progreso de para.

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El problema que tienes es que esos 2 procesos se ejecutan en el mismo hilo y por tanto es síncrono. Esto quiere decir que hasta que uno no acaba no empieza el otro. Lo que necesitas es crearte un hilo de ejecución paralelo en el que se descarguen los archivos, o en el que muestres el progreso de ésta barra.
Para crear un hilo, debes tener una clase que herede de Thread, implementar el método "run()" en esta clase, y llamar desde fuera al método .start() para que comience la ejecución paralela de éste.
Has de tener cuidado porque el objeto que le pases a este thread puede tener problemas de sincronización y acceso entre diferentes hilos que hará que te comas muchísimo la cabeza. Ésto pasa porque 2 hilos "independientes" intentarán modificar o leer datos de un sitio común.

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