EMule

No puedo ayudarte en este caso, pero te puedo remitir a otro experto que seguro que entiende bastante de esta tema, alvararus.
Lo siento

El emule cuando se conecta puede llegar a colapsar la conexión a internet, ya que si no le dices lo contrario, cogerá todo el ancho de banda disponible.
Supongo que en las ocasiones en que los programas de internet se cuelgan el emule está bajándose varias cosas y de varias fuentes, con lo que los demás programas no tienen ancho de banda por el que conectarse. Ésto suele verse claramente en el Internet explorer, que se ralentiza y suele dar el típico mensaje de página no encontrada, ya que el tiempo de carga de la página excede al estipulado en el navegador para encontrar la misma.
Lo mejor que puedes hacer es configurar el emule para que no utilice toda la conexión. En estas páginas puedes encontrar tutoriales que te indicarán cómo hacerlo:
http://ciberia.ya.com/agustind2000/edonkey/emule.htm
http://kwh.iespana.es/kwh/emuletutorial/indice.htm
http://www.portalwebsinlimites.com/~ciberimperio/tutoriales/emule.html
http://www.mejorjuego.com/tutorial_emule.html
Otra cosa que sería recomendable es que no utilices versiones alfa (las terminadas en "a", como eMule0.29a) ya que no están del todo depuradas.

Te diré que cuando yo tenía W98SE me pasaba lo mismo, pero no sólo con Emule, sino con cualquier programa de intercambio de archivos: Kazaa, Grokster, Imesh, etc.
El problema está en que estos programas consumen muchos recursos y abren muchas conexiones TCP/IP mientras se inicializan.
La solución es que cuando lo ejecutes no tengas abierto ningún programa y no hagas nada hasta que se haya establecido la conexión al servidor.
O, si estás trabajando con algún programa (o estás navegando, escuchando música, etc), dejes de usarlo (que no cerrarlo) hasta que, igualmente, se realice la conexión. Es decir, no intentes cambiar de ventana o seguir usando otros programas abiertos. Simplemente no toques el teclado o el ratón. Sé paciente, será cuestión de unos segundos.
Aunque parezca que los programas o la máquina (ésto me pasaba a mi) se ha colgado, no es así. Simplemente Windows está reasignando recursos y parece que se ha colgado.
Verás que una vez realizada la conexión al servidor, todo sigue igual.
Ya sé que parece la solución de la abuela pero, no encontré otra cuando a mi me pasaba.
Pensé que era por capacidad de la máquina pero no, aunque el "aparente cuelgue" dura menos en máquinas más potentes, ocurre igualmente si tienen instalado w98).
Otra solución es cambiar de sistema operativo. Yo ahora uso windows 2000 y ya no tengo problemas con la gestión de recursos y conexiones.
Tal vez, si tu máquina es suficientemente potente, deberías plantearte cambiar a windows XP (o 2000). Es mucho más estable que w98 y gestiona los recursos y conexiones de forma más inteligente :-)
Esta vez no te puedo dar una solución muy satisfactoria. Yo desistí de usar Emule/Edonkey hasta que tenía una necesidad imperiosa de bajarme algo.
Enhorabuena por haber solucionado lo del sonido ;-)
Un saludeT

El emule suele hacer funcionar mal al resto de programas de internet ya que necesita la mayor parte de la banda ancha para funcionar.
Es normal que funcione mal. De todas formas hay versiones del emule que parece que corrigen ese problema.
Puedes descargarte gratis la ultima version del emule en www.softonic.com