Ralentización del sistema

Hola zgz1. Tengo un problema con mi PC, que sólo le afecta cuando lleva un rato funcionando, y especialmente si me dedico a abrir sucesivamente archivos que se encuentran en subdirectorios muy ramificados. Lo que ocurre entonces es que el sistema me empieza a ir lentísimo, hasta el punto que abrir una simple carpeta puede costarle más de medio minuto. Llegado a este punto, la única opción que tengo es reiniciarlo; la velocidad no se normaliza por más que espere y le deje "descansar". Tengo un Pentium III, 450 MHz, 128 RAM y 6 GB. Uso Windows 98 2ª ed., y me han aconsejado formatear disco duro y volver a instalarlo todo, para eliminar toda la basura que el ordenador se va quedando tras las sucesivas instalaciones y desinstalaciones de programas. ¿Tiene esto algo que ver? ¿Qué otra cosa podría hacer? Bueno muchísimas gracias por adelantado...