Meterla en frames es sencillo, solo te generas un frameset y mediante él llamas al resto de las páginas, por ejemplo:
<frameset rows="87,*" cols="*" framespacing="0" frameborder="0" border="0">
<frame name="banner" scrolling="no" noresize marginwidth="0" marginheight="0" frameborder="0" target="contents" src="benner2.htm">
<frameset rows="*" cols="166,*" framespacing="0" frameborder="0" border="0" onunload="xit()">
<frame name="contents" src="botones.htm" marginwidth="0" marginheight="0" scrolling="no"
frameborder="0" target="main">
<frame name="main" src="home.htm" marginwidth="0" marginheight="0" frameborder="0">
</frameset>
Esto es solo el cuerpo del frameset, pero una hoja FRAMESET debe ser algo como:
<html>
<head>
<title>Bienvenido a la Página Principal de ESIME Azcapoztzalco</title>
</head>
<frameset rows="87,*" cols="*" framespacing="0" frameborder="0" border="0">
<frame name="banner" scrolling="no" noresize marginwidth="0" marginheight="0" frameborder="0" target="contents" src="benner2.htm">
<frameset rows="*" cols="166,*" framespacing="0" frameborder="0" border="0" onunload="xit()">
<frame name="contents" src="botones.htm" marginwidth="0" marginheight="0" scrolling="no"
frameborder="0" target="main">
<frame name="main" src="home.htm" marginwidth="0" marginheight="0" frameborder="0">
</frameset>
<noframes>
<body>
<p align="center">Ésta página utiliza frames; pero desafortunadamente tu Navegador
o tu PC no lo soportan; entra a:</p>
<p align="center"><a href="
http://www.skynetgs.com/">clic aqui!!!</a></p>
</body>
</noframes>
</frameset>
</html>
No entiendo por que te lleva a una página de error, verifica que LA RUTA que estas utilizando en el frameset sea la correcta.
Los javascripts y PHP son cosas INDEPENDIENTES del frameset, ya que corren en las hojas que llamas desde el frameset, y utilizarlo o no, no debe intervenir con tu frameset.
No puedes llamar archivos JS directamente a un frame, debido a que es un archivo de ejecución y debe llamarse como tal DENTRO DE LA HOJA WEB EN LA QUE QUIERES QUE FUNCIONE. Recuerda que en un frameset, cada hoja es independiente, así que debes meter el script en la hoja en la que debe operar.
No entiendo tu pregunta respecto al buscador en PHP.
Conclusión: Tu hoja web no funciona por algún problema EN TU REDACCIÓN del código. Un frameset opera en todos los servidores existentes, y su OPERACIÓN depende DEL EXPLORADOR en que se visualiza, NO DE LA COMPUTADORA QUE LO ALOJA (PC o Servidor).
Lo que varía de un servidor a otro es la compatibilidad con PHP o ASP, tipos de bases de datos y aplicaciones como Flash Communicate...