Flash y java en dreamweawer

Hola. Tengo un problema en una web y resulta que tengo un menu hecho en javascript (.js) y una animación flash. La página es ".html". El menu se despliega de arriba hacia abajo y de izquierda a derecha pero al desplegarse se inserta detrás de la animación; es decir, como si estuviera en una capa inferior, por lo que no se ven los submenus.
La distribución de la página la he hecho con tablas por comodidad a la hora de hacer un primer diseño pero no sé si ha sido lo más conveniente.
Ante todo, gracias por la ayuda.