Otra pregunta sobre la ventana principal.

La ventana principal se puede modificar pero los atributos que comentas solo son actualizables cuando creas la ventana, una vez formada no se pueden eliminar ni las barras de navegación ni nada similar.
Respecto a lo que me comentas me parece extraño que te pida confirmacion de cerrado de la ventana principal, lo que puedes hacer es lo siguiente para eliminar el mensaje;
Creas una funcion en la Padre que sea
function CerrarVentana()
{
window.close();
}
Luego desde la ventana que abres en lugar de hacer una window.opener.close();
haces window.opener.CerrarVentana()
Eso según teoría de objetos debe funcionar... pruébalo y me cuentas

Sigue pidiendo la confirmación para cerrar la ventana, utilizo el iexplorer5.5, supongo que sera un problema de seguridad del mismo explorer, seria cuestión de encontrar un script que lo fuerce ha cerrar la ventana.
Espero que me ayudes.
Gracias.

Lo que he encontrado...
If you invoke the close() method on a window that you did not open with script, a confirm dialog box lets the user choose whether the window closes. Navigator doesn't invoke the dialog box if the window has only one document (the current one) in its session history. However, if you use close() to exit the last running instance of the browser, the confirm box pops up (both browsers). Take a look at the confirm dialog box in Internet Explorer and Navigator:
Me temo que por aquí hemos topado con un problema y no veo como solucionarlo...