¿Cómo rectificar una factura con el importe erróneo?

Ayudo a mi compañero con la gestión de su pequeña empresa pero yo no soy contable y no sé que tengo que hacer en esta situación.

El mes pasado hice una factura con una cantidad que no era la que debía sino inferior, modifiqué la factura con el mismo número, fecha pero modifiqué el total al correcto, pero el cliente ya tenía presentada la factura para el IVA y demás, entonces hice una rectificativa con número diferente, fecha actual y con la cantidad que debía de ser en un principio y la envié. La cuestión es que me llamó el cliente y me comentó que lo que tenía que hacer es una rectificativa con el total de la factura anterior y volver a hacer una con el mes actual. El problema es que el vencimiento me lo alargan también un mes y no estamos para mas atrasos y esta opción no me pareció la mas adecuada, también me comentó una rectificativa de abono de la diferencia, pero no sé si tengo que poner solamente la cantidad de la diferencia, la cantidad errónea descontando la cantidad a devolver ¿en negativo? Y así quedaría la factura con la cantidad correcta o no se que tengo que hacer.