Como factura un autónomo español con residencia fiscal en rumania a una empresa rumana?

Me he dado de alta como autónomo en Canarias en el epígrafe 849 desde el agosto 2013. Mi actividad es prestación de servicios (secretariado online, community manager, etc) a unas empresas rumanas. He emitido factura sin IVA y sin IGIC (pregunte a la hacienda). Mi problema es que en este momento la empresa rumana tiene que retenerme 16% IRPF porque no he podido obtener un certificado de residencia fiscal en españa para 2013 hasta la fecha de emisión de la factura. Mi pregunta es: si yo emití en octubre una factura de 1309 euro, y la empresa rumana me pago solo 1100 euro, ¿el resto de 209 euro de retenciones como lo justifico en españa? ¿Tengo qué poner retención en la factura? ¿O dejo la factura sin retención y justifico la diferencia con el papel que recibo de la empresa rumana por la retención? Ademas, en los primeros anos de actividad tengo en España 9%IRPF. ¿Esa diferencia se puede recuperar? Como empecé a hacer las declaraciones 130 (trim 3 para 2013), ¿en el 2014 podrá obtener el certificado de residencia fiscal que sea valido para las facturas emitidas de mi en 2014? ¿En la declaración 130 (trim 4) pondrá la suma de 1309 euro (facturada) o 1100 euro (ingresos)? ¿Y las retenciones de 209 hechas en Rumanía se ponen en esta declaracion de pago fraccionados o solo en la declaracion anual?

Me puede dar usted una solución para mi caso.