Retenciones IRPF de una SL

Si la empresa paga la cuota de autónomos de alguien es un gasto para ella y por tanto estará dentro del sueldo percibido.
Respecto de cual es la retención a efectuar has de calcular lo que cobra cada uno al año y con eso ir a la tabla de retenciones del IRPF y teniendo en cuenta la situación familiar de cada uno hallar el porcentaje de retención aplicable. Ese porcentaje lo aplicas a cada una de las pagas y es lo que hay que retener.

Las cuotas del RETA satisfechas por la sociedad por cuenta de sus socios constituyen, a efectos del IRPF de los socios, una retribución en especies y están sometidas a retención.
En cuanto a las retenciones a practicar a cuenta del IRPF, siempre que la relación sea de tipo laboral, está sujeta a las condiciones particulares, personales y familiares, de cada trabajador. Ahora bien, en el caso de los socios, si actúan como autónomos, deberán facturar sus servicios a la sociedad y ésta deberá retenerles el 15% sobre el importe de cada factura, sin incluir el IVA repercutido.

Si el autónomo lo paga y desgrava la sociedad, ha de incluirse en el sueldo, si, elevado al tanto por ciento de IRPF que luego se vaya a descontar, y después puesto como anticipo en especie.
El IRPF de los administradores legalmente es el 35%.
Si pones otro IRPF, la verdad no estarás declarando según la ley.
Tu asesor laboral te indicará si es que no quieres declarar ese 35%, y arriesgarte, en las tablas te indicará el IRPF para el régimen general, de esa cantidad que has puesto que no comprendo, pero ya sabes es legalmente el 35%