Recurrir una vez finalizado el expediente

Hola, mi problema es que he abonado unas retenciones a Hacienda correspondiente al ejercicio 2004 en concepto de irpf de los trabajadores que me reclamaban. Es decir unas diferencias de lo declarado en el 190 con lo que realmente debía retener.Sin más la hemos pagado con su sanción correspondiente.la cuestión es que se han incluido unas retribuciones erróneas pues estaban exentas dado que eran dietas y plus de transporte. Cuando lo he revisado detenidamente me he dado cuenta, sin embargo el expediente está cerrado, es firme, pues entre otras cosas hemos abonado. Me pregunto si puedo recurrirlo y cómo. No me importaría aportar todas las nóminas de los trabajadores. Y saber cómo podría enfocar el recurso. Gracias