Contrato Menor

Hola, quería hacer una consulta sobre una situación en concreto.
Trabajo para la administración con un contrato menor, de 6 meses, en el transcurso de este contrato me llamaron de interino para la enseñanza, en un principio trabajé un mes en esa sustitución, dándome de baja como autónomo y como pillaba medio mes de dos que eran facturables pues presenté factura de esos dos meses como si nada. Seguidamente me llamaron de nuevo para una suplencia mayor por lo que solicité aplazamiento a la Administración hasta finalizar el curso (un mes y medio), me dí de baja de autónomo y no facturé. Al incorporarme de nuevo en julio volví a darme de alta y a facturar normalmente, por lo tanto el tiempo del contrato se amplió dos meses más por el aplazamiento y la no facturación de esos dos meses.
Estaría interesado en saber si me puede causar algún problema por parte de la inspección de trabajo tanto a mí como a la Administración que me hizo el contrato menor que ahora finaliza.
Gracias