No nos reconocen el derecho a la deducción de 400

Hola, me ha costado 2 días digerir las explicaciones del asesor de mi empresa. Hemos tenido una reunión para que nos explique por qué en junio nos dieron 120 euros de deducciones y a partir de ese mes, nos han bajado la base de cotización para que nuestro sueldo, después de bajar el IRPF, sea el mismo de mayo. El señor en cuestión dice que es porque tenemos el sueldo neto pactado, (acuerdo al que no tendríamos que haber llegado si nos hiciera bien los pagos, y del cual no hay ninguna constancia escrita), pero el caso es que en contrato tenemos reconocido un sueldo en bruto que además especifica todos los complementos que deben configurarlo.
Mi pregunta es: ¿Debo denunciar ante magistratura? ¿Podría también poner en conocimiento de Hacienda el fraude que esto supone?. Porque yo entiendo que hacienda da por hecho que a nosotros nos has dado el total de la deducción.
Perdona lo extenso de mi consulta y gracias de antemano.