Contabilizar venta del activo a una multinacional y la baja del inmovilizado

Mi empresa ha vendido todo el activo a una multinacional, nosotros hemos emitido una factura por importe total del inmovilizado valorado por dicha empresa (incluyendo en dicho valor la depreciación estimada por la misma), más iva.
Yo no lo veo muy claro, me dicen que tengo que contabilizar la venta con su iva por un lado y después realizar la baja del inmovilizado por otro, pero yo todo lo que leo la venta y la baja es como si fuera todo en uno ya que en la baja se aplica la cta de tesorería por el importe percibido (que por otro lado es lo más lógico) yo entiendo que hay algo que no esta bien...