No me queda muy claro el tema de los pagos a cuenta del Impuesto de Sociedad

Si tenemos en cuenta que te estas acogiendo a la modalidad del artc. 38.2 ley 43/1995, el primer pago hasta el 20/04/04 se aplicara el 18% sobre la cuota integra una vez deducidas las bonificaciones, deducciones y retenciones (no del i.s)del año 2003 como dices, y en el caso de octubre y diciembre serán respecto al año 2004, pues se entiende que el impuesto se presenta el 25/07/2004.En el caso de perdidas tanto en el 2003 como 2004, no se presentan pagos fraccionados, pero si en uno de los dos se obtuviesen beneficios tendrras que presentar el pago fraccionado en Abril o en Octubre y Diciembre depende del ejercicio con beneficios.
Ruego valores la respuesta.