Acceso a base de datos

Buen día a todos... Mi planteamiento es el siguiente; estoy elaborando una web que va a funcionar como tienda online, pero la empresa ficticia solo atenderá los pedidos por medio de la web, para kla busque da de la mercancía tiene que ser en la tienda y ademas atenderá en la tienda también (es decir, venderá también mercacia en mostrador). Con la página web y sus respectivas bases de datos (mercancía y clientes) no tengo ningún problema, el inconveniente esta en que la empresa necesita un programa de facturación, y no es viable que el programa maneje una base de datos y la página otra, por lo tanto quisiera que el programa tuviese acceso al servidor donde esta alojada la base de datos o viceversa (de preferencia la primera opción) pero no tengo ni la más minúscula idea de como conectar el programa a internet y que este envíe la petición de acceso a la bd y reciba los datos alojados en la misma... Si hay alguien que me pudea ayudar dándome una luz con respecto a esto se lo agradeceré. Sirven páginas web de ejemplo, libros que hablen del tema, sitios donde hayan códigos de ejemplo, etc, etc, etc...
Gracias de antemano...