Estructura de directorios Aplicación Web

Existe alguna recomendación para la organización o ubicación de los archivos y directorios al desarrollar una aplicación web, es decir, ¿para la estructura de directorios en el desarrollo?
Algunos abajo del directorio pone n:
proyecto/src/java/.../action
proyecto/src/java/.../logic
proyecto/src/java/.../dao
Otros:
proyecto/dao/java/...
proyecto/web/java/...
proyecto/services/java/...

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La forma de organizar los directorios de desarrollo dependerá de tus propios gustos. Por regla general, para desarrollar, se siguen unos criterios. Utilizar una carpeta con los archivos que se van a incluir en el contenedor del servidor y fuera, el código fuente que no es necesario desplegar.
La carpeta para código fuente se suele llamar src, pero no es necesario.
La carpeta que tienes con el nombre DAO, es para el acceso a la base de datos (ya te digo que por regla general, pero no es necesario) y así sucesivamente.
Seguramente estés usando un IDE para el desarrollo de la aplicación, haz lo siguiente, haz un nuevo proyecto web y verás cual es la estructura de directorios que te monta.

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