Baja por enfermedad y retenciones

Buenos días, estoy embarazada y debido a una serie de dolencias, el médico de cabecera me ha dado de baja por enfermedad desde hace ya más de un mes. Según el convenio por el que se rige mi empresa (convenio de ingeniería y estudios técnicos) me corresponde cobrar el 100% si la baja es superior a 30 días. Mi duda se genera al no saber a que cuantía se refiere ese 100 %, ya que en mi nómina aparece un importe líquido, una base de cotización por contingencias comunes y una base de cotización por contingencias profesionales, esta última es la de mayor importe. Además, no se si al importe que corresponda usar como base para calcular mi sueldo ahora, habría que seguir restando todos los portentajes de contingencias comunes, desempleo, formación profesional y retención de IRPF como si estuviera trabajando. Espero su respuesta, un saludo.