Me calculan mal la retención

El calculo del IRPF, se hace teniendo en cuenta tu bruto anual así como las variables cobradas en el año anterior, y efectivamente si este año no vas a cobrar esa variable, no deben tenerla en cuenta para el calculo de % en este año.
El 2% de rebaja, no te correspondría ya que dices tener un sueldo bruto de 35.116 euros. Y esta rebaja se aplicará a sueldos inferiores a 33.007,20 euros.
Te he calculado el IRPF en base a 31.116,¿? Brutos con 3 hijos a cargo y situación familiar 2 y fecha de tu nacimiento el 16/06/1965, con contrato indefinido y el porcentaje a retener te sale 13,71 %.
A priori no me parece tan descabellado el % de IRPF que te han calculado en la empresa, si en cambio me parecería desproporcionado si te sale ese porcentaje con el variable.

No me queda muy claro lo del 2%. Si del sueldo bruto del año 2008 que es 35116 euros, que no es lo que cobro todos los años;para el calculo del irpf me dice la propia ley que no se han de contar ni la seg social ni las horas extras ni los atrasos de otro año, y por su plan de austeridad voy a dejar de ganar 3100 euros;estamos hablando de restar de 35116 la suma de lo anterior que es 7000 euros, con lo que la previsión real de la empres para este año 2009 seria de 28116 euros, con lo cual tendría derecho a la reducción de 2%.
Si me has calculado sobre 31116 euros como dices en tu respuesta también entraría dentro de los 33007 con lo cual también tendría derecho al 2%
Te puedo decir que la empres con el papel que me ha dado pone de salario bruto20633, 21 ; de variables fijas 0 ; de variables variables13382, 42 ; de cotización a la seg social -1619,18 ; de otras reducciones -3252,00 ; y de base liquidable 29144,45 lo que da como resultado 13,81.
Haciendo yo mi previsión quedaría así:
Sueldo 1147 x 12 13764 euros
Antigüedad 204 x 12 2448
Paga extra 1366 x 2 2732
compl. 20 años 46,30 x 12 556
Jornada partida 155 x 11 1705
pr producción 700 x 12 8400
Marzo y sept 1800
Total 31405 euros ya contada la subida del 3,37%.
Con todo esto veo que como variable variable yo solo tengo la prima de producción que son 8400 euros y no los 13382 que me esta contando la empresa.
La empresa ya tiene contadas las deducciones, y yo de mi previsión todavía no he restado los gastos deducibles como son la seguridad social, los sindicatos etc.
Me podéis aclarar un poquito estas cuestiones, muchas gracias

Lo que parece claro es que el sueldo bruto + variable que dices tener tu, no es el que estima la empresa. Efectivamente con un sueldo inferior a 33.007 euros y siempre que efectúes pagos por prestamos destinados a la adquisición o rehabilitación de vivienda habitual, tendrás dº a la reducción de 2% en tu % de IRPF para el 2009. Sobre este punto eres tu el que tienes que comunicar a la empresa que realizas pagos destinado a la adquisisición o rehabilitación de vivienda utilizando financiación ajena. Esto lo has tenido que comunicar con el modelo 145 que la empresa debe haberte proporcionado a primero de año para el calculo.
Haciendo un simulacro con los datos económicos que das de la empresa:
Sueldo bruto más variable 34.015,63 euros (tres hijos a cargo)
Situación familiar 2
El IRPF que te sale para el 2009 es de 15,82 % y con estos datos económicos tampoco te correspondría el 2 % de reducción de % por superar los 33.007 euros, pero desde luego el porcentaje que te sale es menor al que te esta aplicando la empresa.
Si necesitas la resolución donde se regula el nuevo modelo 145 y la reducción del 2% en % de IRPF para el 2009, indicame una dirección de e-mial para enviártela.

Si no tienes más dudas te ruego evalúes y cierres la pregunta.