¿Cómo sería el acuerdo de visitas en la separación?

En primer lugar, siempre es recomendable redactar un acuerdo de separación con la mediación de un abogado y elevar el acuerdo ante un juez. Desconozco si hay "buen rollo" entre los dos, aunque cuando hablamos de dinero a veces nos olvidamos la buena fe en casa aunque tratemos con quien ha sido nuestra pareja y madre de nuestros hijos.
Entiendo que tu tienes la custodia de los pequeños, dada su corta edad. Si es el caso, un acuerdo de mínimos otorgaría al padre disfrutar de los hijos dos fines de semana al mes y algún día entre semana, desde la salida del colegio de los pequeños hasta las ocho-nueve de la noche. A partir de ahí, podéis acordar vuestros arreglos concretos.
Habitualmente, el padre tiene derecho a tener los niños durante la mitad de sus vacaciones (Navidad, Verano, Semana Santa). Por ejemplo, en verano un arreglo adecuado puede ser que ambos los tengáis quince días en Julio y quince en Agosto, a no ser que tengáis vacaciones laborales en meses diferentes. Los días sueltos festivos, estarían sujetos al calendario habitual.
Con respecto a la manutención, el asunto es más flexible, depende de los ingresos que tenga el progenitor que debe pasar la pensión. Un acuerdo habitual es que el progenitor que tiene a los hijos a su cargo reciba unos trescientos euros por hijo aproximadamente... pero en el caso de tu ex-marido teniendo también la obligación de atender la mitad de la hipoteca es bastante elevado. Deberéis negociarlo. En caso de falta de acuerdo lo decretaría el Juez. Piensa que tu ex tiene que rehacer su vida y poder mantenerse económicamente.
Insisto en lo primero que te he dicho, yo recomendaría la gestión de un abogado (puede ser el mismo para los dos) que redacte un acuerdo que reciba vuestro beneplácito y lo presente ante el juez para ratificarlo.