Factura rectificativa para cambiar de ejercicio

En primer lugar un comentario aunque no tenga que ver con tu pregunta: los organismos oficiales abusan de su poder. Tú puedes emitir una factura con la fecha que quieras, porque legalmente la fecha debe ser la de la prestación del servicio y no la que ellos quieran. Si que es verdad que les debes hacer lelgar esa factura antes de un mes después de haberal emitido. Te lo exigen así para que los plazos de pago no se alarguen de forma evidente. En fin, solo era un comentario.
La forma correcta de arreglar ese desfase es haciendo una o varias facturas rectificativas, que no son otra cosa que abonos, pero con la salvedad de que debe ser del mismo importe de base imponible que las emitidas en su día pero con signo negativo, y se debe constar en el concepto facturado que rectifica la factura nº XXX de fecha XX-XX-XX. A partir de ahí, puedes volver a emitirlas con otra fecha.
Debes hacer una factura rectificativa por cada una que hayas emitido. Te advierto que el IVA que debes aplicar a las facturas rectificativas es el IVA vigente en el momento que las expides, no el IVA que en su día estaba vigente. Es decir, si facturaste al 16%, ahora debes expedir las rectificativas al 18%, porque es el IVA que está ahora en vigor. Las cuentas al final salen las mismas, porque el IVA se compensa en el trimestre. Lo que pasa es que la gente no lo tiene muy claro, y suelen hacerlo con el mismo IVA que se emitieron por aquello de que el total factura sea igual. Puede que así le salga menos a pagar a ese organismo oficial y a ti menos a cobrar, pero como luego te lo compensas todo (con el IVA las empresasa hacen de recaudadores de Hacienda), el resultado es el mismo. Eso sí, ellos deberían contabilizar todas, incluso la que en su día no contabilizaron, porque tú la emitiste y eso va a misa.