¿Es operativa una empresa que tenga los fondos propios negativos originados por pérdidas acumuladas?

A ver, en principio, como tú bien dices, una empresa no debería cerrar el ejercicio con unos fondos propios negativos, aunque la explicación que se me ocurre para eso es que ya esté durante algún otro ejercicio dando pérdidas y compensándolas. La situación que planteas en que los fondos propios fuesen positivos y diese pérdidas es algo normal en una empresa (sobre todo en las de nueva creación), pero efectivamente si sus fondos propios al cierre del ejercicio son negativos, debería aplicar alguna medida de corrección. Una de ellas puede ser la ampliación del capital, pero también podría tomarse esa aportación para compensar las pérdidas obtenidas, aunque en este último caso, los fondos propios seguirían siendo negativos y por tanto debería presentar suspensión de pagos posteriormente.
No sé si en algo he conseguido aclarar tus dudas pero mi consejo es que si hablas de la situación real de una empresa, acudáis cuanto antes a un buen asesor fiscal con un balance de situación para que estudie el caso con detenimiento